当时，朱燮元认为朝廷大军撤离后，四川实际上已无贼寇，便将目光着眼于教化土司，安定土民。
其实天启元年奢氏永宁卫的收复，使大明拓地千里，将原本只有名义上统治的永宁卫一带，重新置于天启朝廷的有力统治之下。
朱燮元就任四川巡抚后，也发挥了卓越了军事、政治才能，一改前任徐可求对土司的敌视态度。
原奢氏土司最富庶的土地，纳入朝廷永宁卫下辖，为官军直驻，其余土地则被他分设四十八屯，赐给土司军队中的平叛有功者。
四川当地，除奢氏外还有几家大土司。
朱燮元趁平叛余威仍在，将这几家大土司的土地分割开来，用战功封赏的由头分赐给一些有功的小土司将领，命他们每月向官府进献岁赋，称为“屯将”。
屯将的选派，往往要真正在平叛中为朝廷用命效力者，屯将们及其麾下军队也都直接隶属于地方州府。
朱燮元提出的四川屯将制度，实际上可以将那些土司军将领，逐渐转化为朝廷的直属将领，有力分割四川诸土司的力量。
前不久，朱燮元又向朝廷上疏，建议移叙州兵备道治所于永宁卫城，与贵州参将共同驻守。
朱由校仔细考虑后，准奏施行。
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