一则，像内政署下设科教文卫署，军务署下设战备署。彼此在名字上，难免有些混淆，不容易清晰地界定，两者之间的上下从属关系。
升格为总署之后，就无此烦恼。
二则，领地郡、府、县三级衙门，采用的架构，除了军务署有差异，其他三大署，基本上都是比照南疆都护府组建的。
因此，也是无法清晰地界定和维系，南疆都护府四大署的绝对权威。升格之后，南京都护府的四大总署，就成为独一无二的存在。
四大署升格，名字变更，其主官的官职，却是维持不变，依然叫署长。
欧阳朔倒是想过，要以“大臣”称之。
无奈的是，南疆都护府虽然拥有开府建牙之权，却是无法任命大臣。
私下里，萧何等人称臣，已是有些越界。在正式的官职上，欧阳朔自然不敢真正地踩过线，授人以口舌。
唯有立国之后，才能真正地设立诸臣工。
其二，扩容四大署。
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