刘宗敏和田见秀指挥的闯军前队，经过了刘文兴的叛逃，以及一路上的战损、逃散，减员也达到了万人以上。再加上刘体纯、杨秉胤、马朝兴三队人马的补充，以及收拢了一些其他各营的溃兵，从成都出发时的二十余万大军，已经不足十万人。
少的那十几万人自然不是都死了，有投降官军的，有逃散了的，但伤亡数量依然十分惊人。几天之后，嘉陵江下游的回水湾堆满了泡得发白的尸体，景象可怖之极。从阵亡人数来说，说这是米脂起兵以来最惨重的失败也不为过。
牺牲并不可怕，关键在于牺牲得有没有意义。而这一次，数以万计的联军士兵的牺牲显然意义非凡。
暴雨冲垮了多处道路，官军的给养送不上来，大量的尸体更是一场卫生的灾难。淋了雨又缺少保暖设施的官军成批病倒，四川巡按陈廷谟腹泻不止，死于军中，一旬之间，患病士兵竟有上万。
洪承畴就算有天大的胆子也不敢再作战了，再这样下去，要么被瘟疫消灭全军，要么就会爆发兵变，他下令军队选择人口稀少又环境干燥、有清洁水源的地方分散扎营，躲避瘟疫。虽然洪承畴不懂太多医学知识，但是单靠经验总结下达的命令也比较合理，焚烧尸体，隔离病患，遏制了瘟疫大规模蔓延的趋势。
明军眼睁睁地看着闯军从达州东进，攻下了夔州府城。秦翼明部撤回了忠州，防止闯军向石柱土司报复，湖广的大门就此打开了。湖广明军的主力要么跟着杨嗣昌去了衡州，要么跟着方孔炤在湖北东部一带对抗张献忠、罗汝才等人，湖北西部只有少量卫戍部队，防务几乎是一片空白。
沿江东下的闯军攻下了归州，在这里，他们完成了重新集结。川东、荆襄一代的流民，又有一些归附闯军，闯军迅速重振声势。
没有联军了，只有闯军。该跑的都跑了，现在是农民军该统一的时候了。
自李自成、刘宗敏、田见秀以下，夔东闯军主力共有郭汝磐、刘芳亮、袁宗第、李过、党守素、辛思忠、李友、吴汝义、马世耀、白鸠鹤、刘汝魁、刘体纯、谢君友、马重僖、高一功十五位老管队，每一队的兵力约为五千人。再加上辅助部队和随军家眷，主力闯军达十万之众。
王友进、杨秉胤、马朝兴、刘体统、袁宗道、王可兴、郝九松、王汝贵、马云翔、李复荣、郝登云、裘岳等人留守西山各寨，继续招募流民、屯耕山林，照顾伤兵、家眷，积蓄力量。
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