明代也设有太医院，其长官初始称作太医院令，后改称院使。明代在北京和南京各设一个太医院，但是北京设置的太医院是最高医药管理机关，设有最高医政长官院使，下设院判。而南京太医院只设院判不设院使，以便服从于北京太医院的领导。
清代只设一个太医院，院使正五品，总揽医药行政及医疗大权。清初，御药房也划归太医院管理，全国医官统一由太医院差派、考核、升降，从而加强了统一领导。但这种体制未能坚持下去，礼部管生药库，总管太监管御药房，削弱了太医院的功能。清朝中晚期，医政管理较为混乱。
总之，从金至清，太医院作为全国性医政兼医疗的中枢机构延续了七百多年。
那么，“御医”和“太医”有什么区别？
“御医”和“太医”都是医生职务称谓，专门服务皇帝及其皇帝宫廷中的嫔妃家眷，直接听命于皇帝、指定的大臣、娘娘等。
“太医”一词最早可追溯到秦代，当时设有“太医令”一职。西汉时已有太医的官职设置。唐宋时期在太常寺设有太医署或太医局，金朝开始称太医院。元代的太医院已经成为独立机构，负责医疗，并制作御药。
到了明代太医院则已经有了分科。在《大明会典》记载，太医院为正五品衙门，设院使、院判、御医、吏目等官职，吏目以下还有冠带医士、医士、医生等不同职位。
与太医最根本的区别是，御医才是在真正意义上为皇族诊治疾病的大夫，等级自然也要比太医高。在清代御医院又叫“太医院”，所以御医确实被人们尊称为太医，但是被尊为“太医”的绝大多数都不是御医。太医院职官品秩原定为：院使正五品，左、右院判正六品，御医正七品，吏目八、九品各十三人。
自官办医学教育开展以来，多数御医的选拔是由官办教育中的医学生经过多年的系统培养，层层考核，筛选出其中优秀者为宫廷服务。据清代官方典籍《大清会典则例》和清末御医任锡庚所写的《太医院志》，御医是太医院中的固定官职，人数约在十人左右。
御医的官秩起先为正八品，但准许用六品冠带，后提为正七品，仍准用六品冠带，并可用貂皮、挂数珠。一般而言，御医属于皇家的私人医生，不给外人服务，除非皇帝派遣他们去给某个指定的对象诊病。
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