后定置御史大夫二员、中丞二员、侍御史二员、治书侍御史二员，品秩如上；经历一员，从五品；都事二员，正七品；照磨一员，正八品；承发管勾兼狱丞一员，正八品；架阁库管勾兼承发一员，正九品；掾史一十五人，译史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，台医二人，蒙古书写二人，典吏六人，库子二人。
御史台下设有殿中司、察院、行御史台、肃政廉访司等官署。
（六）大宗政府
国初未有官制，首置断事官，曰札鲁忽赤，会决庶务。凡诸王驸马投下蒙古、色目人等，应犯一切公事，及汉人奸盗诈伪、蛊毒厌魅、诱掠逃驱、轻重罪囚，及边远出征官吏、每岁从驾分司上都存留住冬诸事，悉掌之。
泰定元年，复命兼理，置札鲁忽赤四十二员，令史改为掾史。致和元年，以上都、大都所属蒙古人并怯薛军站色目与汉人相犯者，归宗政府处断，其余路府州县汉人、蒙古、色目词讼，悉归有司刑部掌管。正官札鲁忽赤四十二员，从一品；郎中二员，从五品；员外郎二员，从六品；都事二员，从七品；承发架阁库管勾一员，从八品；掾史十人，蒙古必阇赤十三人，通事、知印各三人，宣使十人，蒙古书写一人，典吏三人，库子一人，医人一人，司狱二员。
（七）宣政院
宣政院，掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之。定置院使一十员，从一品；同知二员，正二品；副使二员，从二品；佥院二员，正三品；同佥三员，正四品；院判三员，正五品；参议二员，正五品；经历二员，从五品；都事三员，从七品；照磨一员，管勾一员，并正八品；掾史十五人，蒙古必阇赤二人，回回掾史二人，怯里马赤四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
（八）太禧宗禋院
太禧宗禋院，掌神御殿朔望岁时讳忌日辰禋享礼典。初，院官秩正二品，升从一品，置参议二员，改令史为掾史。二年，改太禧宗禋院，置院使六员，增副使二员，立诸总管府为之属。凡钱粮之出纳，营缮之作辍，悉统之。定置院使都典制神御殿事六员，同知兼佐仪神御殿事二员，副使兼奉赞神御殿事二员，佥院兼祗承神御殿事二员，同佥兼肃治神御殿事二员，院判供应神御殿事二员，参议二员，经历二员，都事二员，管勾、照磨各一员，掾史二十人，译史四人，知印二人，怯里马赤二人，宣使一十五人，断事官四员，客省使大使、副使各二员。
（九）储政院
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