亨利便指派自己的表兄弟、土尔主教为教皇，是为利奥九世。也是教皇史上第4位，也是和他的两个前任一样的德国人。
利奥九世在位五年(公元1049一1054年)，是克吕尼运动的强力支持者，正因为他有改革的热诚，才被皇帝指派为教皇。
利奥九世是一个狂热的克吕尼派僧侣，他在任教皇时期，教权得到进一步增强。
他下令改组教廷，高级神职人员均由克吕尼派僧侣担任，要求各级教士实行严格的独身制，防止教产转移到俗人手中，宣布所有教产都属于教皇，应向罗马教廷纳税。
尽管两年后利奥九世这位强硬的教皇就要登上圣伯多禄的御座，开始实施一系列对威廉不利的改革措施，但至少在1047年末到1049年8月这两年间，罗马教廷是无暇顾及到英格兰的事务。
未来短短两年不到的时间里，教皇之位连续更迭三次，更有神罗皇帝再次率军南下罗马，罗马教廷根本无暇他顾。
心中早有定计的威廉对于教皇使节的诘问采取了拖延策略，总是模棱两可地回答对方。
果不其然，1047年11月18日，从罗马传来了教宗克雷芒二世于1047年10月9日不幸逝世的消息。
教皇使节无暇再和威廉纠缠，告别威廉，立即启程返回罗马。
没有了教皇的压力和干涉，威廉可以腾出手来好好地料理英格兰本地教会。
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