科学阵营
【学园都市】占据东京都的三分之一(将东京西部占据，并占有埼玉县和神奈川县一部分的圆形城市)，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市。分为23个学区。和外部隔离，拥有领先世界20~30年以上的最尖端科技。所有学生都接受超能力开发。由统括理事会全权管理。为防止技术、超能力者外泄，对人口进出有严格的限制。都市不存在警察，取而代之的是从学生中挑选出的风纪委员(Judgement)和教师自愿参与的警备员(Anti-Skill)维护治安，甚至可以组织成军队。名义上是日本一部分，实际上几乎是国中国。在全世界都有合作组织。
【科学结社】学园都市的敌对组织。过去与天井亚雄接触过，所以对树形图设计者相当了解。残骸事件中，接受米国的肯尼迪角(位于米国卡纳维尔角的太空基地)派遣计划侵入学园都市夺取树形图设计者的核心残骸。接触结标淡希，结果被黄泉川爱穗摧毁。
【反学园都市科学守卫者】背叛学园都市的二十七所协助机构所组成的组织。因为各企业的专门性太高，无法独立经营，所以二十七家企业统合为三个集团。在东欧巴盖吉城举办天择者大赛，最后在木原和捣蛋鬼冲突后解体。
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魔法阵营
【十字教】
以现实中的基督教为原型。广义的十字教分成很多教派，大体上可以被分为天主教(旧教)和新教两大派别，其中在旧教中拥有最强大势力的是以梵蒂冈为中心的罗马正教、以俄luo斯为根据地的俄luo斯成教、以圣乔治大圣堂为核心的ying国清教。
【罗马正教】
在十字教当中最大宗派，在世界上拥有二十亿信徒，由一位教皇及一百四十一位枢机主教所管理，在一百一十三个国家都拥有教会。在内部拥有各式各样的派系。罗马教皇是以选举产生，如同负责世界的管理与运营的特征所示，经常注意学园都市或其他势力的动静。
神之右席罗马正教最暗部。原本以历代罗马教皇咨询对象立场所成立，拥有连教皇也有时也必须依赖的知识与力量，不知从何时开始成为罗马正教的中心。神之右席的成员有四位，分别对应天使中最重要的四大天使，会配合需要不断更换内容而存续着。他们利用人类魔力和天使之力能量彼此的相似性，来直接操控天使之力。然这么做能使用的力量非常大，但性质上却受到对应的天使处处限制，所以无法使用一般魔法，结果反而没那么自由。
【ying国清教】
位于ying国的十字教旧教三大派系之一，在狩猎魔女、异端审问、宗教裁判等关于魔法师的文化与技术方面特别发达。十六世纪时英王亨利八世为了对抗罗马正教而在自己的国内设立的独自的十字教系统，也是ying国的国教。表面上ying国清教的总部设在坎特伯雷座堂，但实际的决策权已经完全转移到圣乔治大教堂。内部派系林立，势力复杂。麾下有许多分支和分派，诸如必要之恶教会、天草式十字凄教(天草式派)、雅妮丝部队(罗马正教在伦敦的新分派)等。
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