菲律宾的土著人口在17世纪初不下百万，仅仅吕宋岛上就至少有七八十万，人数超过吕宋华人十倍。对土著进行赶尽杀绝般的报复，在现阶段是最不明智的行为，当巴谷姆在一座山洞里被外籍军团官兵活捉后，华美亚洲舰队司令刘畅适时地阻止了刘二纯等人的战争扩大行为。
似乎觉得对西班牙人或华人进行趁火打劫不再有任何可能，一些闻风而来的菲律宾土著小部落首领果断地把他们的劫掠对象换成了巴谷姆部落的残余村落，然后又纷纷向李国助示好，以示和巴谷姆划清界限。这种自相残杀的原始暴虐行为，打吕宋古王国覆没后就没有停歇过。
从宿务岛过来的几艘西班牙战舰搭载了近千援兵，当他们累死累活地赶到马尼拉湾的时候，当即被华美亚洲舰队包围，这才愕然发现他们的首府已经变成了另一番天地。在接到华美方面的警告后，西班牙海陆官兵在华美战舰的炮口下放下了武器，垂头丧气地待在了华美军队为他们划定的区域。
得知巴谷姆已经被清剿，宿务岛援军被扣押，科奎拉总督都快被气疯了。如果不是名义上的菲律宾殖民地最高长官马尼拉主教一力劝阻，此时的科奎拉恨不得下令用重炮轰击华美军队。
……
时间到了1643年1月中旬，吕宋各地的华人起义战争渐渐进入尾声，人数占劣势又各自为战的西班牙殖民军，要么倚仗大炮龟缩在最后的狭小防御堡垒里负隅顽抗，要么就是被突下狠手的华裔民兵给一锅端。
随着华美方面的“调停”消息扩散开，整个吕宋岛的西班牙殖民城镇，就只剩下了马尼拉、黎牙实比等少数几处还在坚守。而李国助等人也失去了继续穷追猛打的能力。尤其是北方的林加延，当初起义时的1100华人民兵。已经和西班牙军队拼得剩下不到三分之一了，负责指挥的张信也身负重伤。如果不是华美战舰及时赶到，恐怕张信等人和整个林加延都会被抹杀掉。
脸皮一旦撕破，就再没有恢复原样的可能。在得到华美亚洲舰队司令刘畅的安全保证后，龟缩据守马尼拉主城堡垒的科奎拉总督等人终于知道大势已去，只能宣布接受停战和谈的要求。
1月20日，科奎拉总督下令放下武器，打开了马尼拉主城堡垒。华美外籍军团顺势进入“军事代管”，并准备将科奎拉总督下达的停战命令送往各地。
这样一来，持续了一个多月的吕宋独立战争进入正式外交谈判前的无条件停战阶段。绷紧的神经一旦放松下来，交战双方都觉得异常疲惫。战火中受到一些打击报复的西班牙平民，哭哭啼啼地在一片废墟的城区寻找着自己曾经的家，而大多数华裔居民则默默回到家中。
战争导致吕宋对外的海上贸易几乎全部中断，城区毁坏也较严重。为保障马尼拉城数万居民的基本生活，一大批人道主义救援物资开始陆续从香港或明珠岛海运马尼拉。无论是西班牙人还是华人，都分到了食品、衣物和药品。对普通民众而言，生活还是要继续，至于这场战争的最终结局如何，绝大多人都无法猜测。
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