但是，外星人却绑架了威廉·穆勒的小女儿萨曼莎·穆勒。儿时的福克斯·穆勒刚好看到这一幕，长大后，通过深度催眠，他回忆起了当时的情形。
于是，福克斯·穆勒开始对超自然现象产生浓烈的好奇心，并从来没有放弃过找回自己妹妹。牛津大学心理系毕业之后，福克斯·穆勒便加入了FBI，随即转入一个专门研究超自然现象的小组：X档案组。
不过，这个小组一度只有他一个人，直到几年后，他的搭档，丹娜·斯卡丽出现，他们便开始了自己的冒险。”
这下所有的编剧都认为自己听明白了，保罗多半是要让他们写一个男女主角福克斯·穆勒和丹娜·斯卡丽在寻找穆勒妹妹过程中，发现辛迪加的背叛，以及摧毁布雷特星人的殖民阴谋然后拯救全人类的故事。
接下来，保罗道：“这部电视剧名字既然叫做《X档案》，那么，故事肯定是围绕主角对一系列超自然现象的调查而展开的，风格以恐怖和悬疑为主。所以我的计划中，第一季的24集要出现二十四起超自然灵异事件。
你们要做的，就是将这些孤立的超自然现象，与布雷特星人殖民、辛迪加阴谋联系在一起，形成一个看似散乱其实内在关联千丝万缕的完整故事。
穆勒的最终目标，是找到自己妹妹失踪的线索，甚至最终找到自己妹妹。
而通过深度催眠的回忆，他发现妹妹的失踪跟外星人劫持有关。
于是，他会将遇到的超自然现象进行记录和分类标记，穆勒通过自己的职业敏感性，将可能有用的信息挑选出来，如同小孩子玩的拼图游戏一样拼合在一起，最终形成一条完整的指向布雷特星人殖民阴谋的线索，你们可以在每一集中添加一个穆勒做笔记的情节。”
这样完成拼图，可以引发影迷的猜测与好奇，这种悬疑的设置，一向是美剧中吸引人气的致胜法宝。
如果让保罗重复全部散乱的内容，他恐怕还真做不到，因此就是让这些编剧发力的时候了，他将上一世这部剧集的设定稍微做了一些细节的修改，直接拿了出来。
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