随着数码宝贝与人类的接触，当有一天数码宝贝和人类之间沟通没有了障碍，更多的问题和危机接踵而来。
数码世界的危机由人类出手结束，但新的危机又从人类这里开始…
人类与数码宝贝的过分接触导致数码世界与人类世界的空间壁变得薄弱，最后人类世界竟然与数码世界开始融合。而融合的结局只有一个。
“两个世界同时毁灭！”
而数码世界的神最后的决定是:毁灭人类世界，拯救数码世界。
最后关头，人类本身竟然又诞生出一种新的力量。数码之魂！
借助这种力量，人类世界与数码世界安然度过难关。
但由于人类的这种不可预料与无法估计，比之原来的数码世界更加危险，数码世界的神决定永久关闭人类世界通往数码世界的大门。
但关闭数码世界与人类世界的大门就能解决问题吗？
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